La construcción del ferrocarril se inicio en mayo de 1850 y termino el 27 de enero de 1855 a un costo de cerca de 8 millones de dólares, siendo así el primer ferrocarril interoceánico en el mundo. El punto terminal del ferrocarril el atlántico fue la isla Manzanillo, donde se fundó la ciudad de colón el 27 de febrero de 1852 con el nombre de Aspinwall.
Hasta 1869, fecha en que se inauguro el ferrocarril que uniría la costa este con la costa oeste de los Estados Unidos, la Panamá RAILBOARD obtuvo su propia cosecha de oro.
La línea cobraba tarifas exorbitantes de:
cabe destacar que el ferrocarril trabajaron obreros provenientes de Inglaterra, Irlanda, Francia, Alemania, Austria, India, China y Jamaica. El 50% de la población trabajadora tuvo en algún momento enferma de fiebre amarilla, malaria o disentería.
Mucho antes de que se terminara el ferrocarril, el dinero empezó a ingresar en las arcas de la empresa. En 1853, solamente 23 millas utilizables, la línea transporto 32, 111 pasajeros; en 1854 con 31 millas terminadas transportó, 30, 108; cuando se inauguró en enero de 1855, ya había ganado más de un millón de dólares.
Los beneficios para Colombia fueron de un millón de dólares al momento de ser aprobado el contrato Sthephens-Paredes por el congreso colombiano, y una anualidad de $ 25,000 dólares. Para los humildes trabajadores istmeños y extranjeros que tenían sus negocios de restaurantes y hospedajes en la desembocadura del río Chagres, los operadores de las canoas en la ruta del Chagres, los que tenían sus humildes negocios en el poblado de Cruces y los dueños de mulas en la ruta de Cruces a Panamá, todos ellos fueron afectados con la inauguración del ferrocarril.